个人所得税专项扣除不是扣工资。

专项附加扣除指的是，在计算综合所得应纳税额时，除了5000起征点和“三险一金”等专项扣除外，还允许额外扣除的项目，如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金，以及赡养老人等专项附加扣除等六项费用。专项附加扣除于2019年1月1日起施行，折算到月收入的个税计算方式如下：

月度收入-5000元起征点-专项扣除三险一金等-专项附加扣除-依法确定的其他扣除=应纳税所得额

因此，实发工资=应发工资-各项扣款（包括责任扣款和法定扣款）。

法律依据：

《个人所得税专项附加扣除暂行办法》

第二条　本办法所称个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。

第三条　个人所得税专项附加扣除遵循公平合理、利于民生、简便易行的原则。

第四条　根据教育、医疗、住房、养老等民生支出变化情况，适时调整专项附加扣除范围和标准。